Куст крыжовника густой, может быть среднерослым или сильнорослым, раскидистость небольшая, поэтому выглядит Командор компактно. Побеги у сорта пряморастущие, тонкие, зелёного цвета, антоциановая окраска присутствует в верхней трети побеги или до его половины. Большая часть побегов бесшипная. Кое-где встречающиеся светло-коричневые шипы тонкие или средние, растут одиночно. К побегу расположены перпендикулярно. Листья крупные, иногда средние, тёмно-зелёные, с блестящей, слегка морщинистой поверхностью.

Цветки крыжовника небольшие, яркоокрашенные, имеют колокольчатую форму, собраны в двух- или трёхцветковые соцветия. Чашелистики у Командора узкие и длинные, несомкнутые, красного или розового цвета, отогнутые. Цветоножка тонкая и длинная, неопушённая, зелёная. Ягоды одномерные, округлые, с тонкой кожицей, не имеющей опушения, нежной консистенции. Вес плодов 2,5 — 4,5 грамм, в Госреестре указана средняя масса 2,8 грамм. Незрелая ягода зеленовато-красная, спелая — тёмно-красная, почти чёрная. Чашечка полуоткрытая. Плодоножка тонкая, длинная.

Мякоть сочная, ярко-малиновая. Вкус приятный, запоминающийся, сладко-кислый с лёгкой терпкостью. Количество семян умеренное, они чёрного цвета.